I 1863 flyttet skolen en tid til Bjørnevågen hvor man leiet rom hos Nils Bjørnevågen. Der holdt de til inntil det første egentlige skolehuset ble oppført på Lunde to år senere i sveitservillaen som i dag huser Lunde barnehage. I den kommunale skolen måtte man i 1877 gå til ansettelse av en lærer til, nemlig Even Ulseth som begynte i en nyopprettet stilling ved Lunde, slik at lærer Pedersen heretter bare hadde Rød krets.
Stenindustrien syd på øya medførte før og rundt århundre-skiftet en fortsatt befolkningsøkning, og i 1912 ble Lunde skole femdelt. Lunde skole var for øvrig blitt både trang og uhensiktsmessig, og i 1918 ble det oppført en ny større skolebygning i mursten rett ved den gamle skolen. Den nye bygningen har 4 klasserom, skolekjøkken, sløydsal, lærerværelse og økonombolig. Den gamle skolebygningen ble nå omgjort til gymnastikklokale og skolebibliotek. Lunde skole hadde i 1925, 88 elever.
Skoletannpleie ble innført i 1939. Elevene måtte først gå til tannlege i Fredrikstad, men i 1947 fikk man innrettet eget tannlegekontor på Smertu skole med felles tannlege med Fredrikstad-skolene. I 1951 ble fortsettelses eller framhaldsskole opprettet og det meldte seg 25 elever til det første kull med undervisning ved Lunde skole.